A colonização das proximidades de Lagoa Santa iniciou-se no final do século XVII, com a vinda dos bandeirantes que buscavam ouro, dando-se destaque para Fernão Dias Paes Leme, por volta de 1675.

A cidade de Lagoa Santa foi fundada em 1773 por Felipe Rodrigues, tropeiro viajante que se estabeleceu no local.

A origem do nome da cidade está ligada às propriedades das águas da lagoa que, segundo crenças locais, possuem minerais com propriedades curativas, motivando grande procura de banho nas “águas santas”.