O Bioma Cerrado é predominante na região da APA Carste de Lagoa Santa, apresentando gramíneas, arbustos e árvores de casca grossa, com raízes muitas vezes longas, que lhes permite se aprofundarem no subsolo.

Árvores:
Jatobá do cerrado, pequi e ipê amarelo estão presentes no Cerrado.

A Mata Seca também está presente sobre os maciços calcários, representada por paineiras, gameleiras e perobas. No período de estiagem, muitas de suas árvores costumam perder todas as folhas, dando a impressão de estarem completamente secas.

Em locais úmidos, como nas dolinas e ao redor dos afloramentos calcários, desenvolve-se uma MATA MAIS DENSA, muitas vezes com cipós e árvores geralmente mais altas como Jacarandá e Copaíba.

Em meio à vegetação, interligadas ao fluxo de água subterrânea e localizadas nos fundos de dolinas e depressões presentes na planície podendo ser temporárias ou permanentes, estão as lagoas das regiões carsticas.